Apesar de ser um praticante promissor, a verdade é que a transição para o patamar sénior, mesmo tendo em conta uma participação num “amigável” de fim de época, ditaria o seu afastamento da Luz. Ainda assim, a solução para o seu trajecto enquanto futebolista profissional não viria a apartá-lo dos cenários primodivisionários. Nesse sentido, seria o Portimonense, inicialmente orientado por José Augusto, que, na temporada de 1977/78, daria a oportunidade a Nélson Moutinho para dar seguimento à carreira desportiva. Mesmo com a mudança no comando técnico a apresentar Mário Lino como o novo timoneiro, o atacante conseguiria manter-se como um dos titulares. No entanto, a despromoção do emblema algarvio travaria a afirmação do ponta-de-lança no patamar maior luso e a campanha de 1978/79 seria passada no escalão secundário.
O regresso de Nélson Moutinho à 1ª divisão aconteceria na temporada de 1979/80. Contratado pelo Beira-Mar, o avançado passaria a trabalhar na intendência de Fernando Cabrita. Curiosamente, tal como na época de arranque no algarve, o atleta veria uma “chicotada psicológica” a entregá-lo, dessa feita, às ordens de Rodrigues Dias. Similarmente, também a campanha cumprida na agremiação sediada na cidade de Aveiro, terminaria com o clube por si representado nas posições de descida. Apesar da titularidade assegurada no emblema da Beira Litoral, o referido desaire colectivo levá-lo-ia a procurar novas oportunidades, numa colectividade diferente. Infelizmente para o ponta-de-lança, a entrada no plantel de 1980/81 da União de Leiria afastá-lo-ia, em definitivo, das sendas destinadas ao patamar máximo e, daí em diante, o atacante encetaria uma caminhada a revelar uma boa mescla clubes.
FC Barreirense, Benfica e Castelo Branco, Olhanense e Silves, transformar-se-iam nas cores a colorir um trajecto que findaria com o termo das provas agendadas para a época de 1991/92. Logo de seguida, mantendo a ligação à modalidade, Nélson Moutinho, sem sair do Algarve, começaria a carreira como treinador. Principalmente na disputa dos “regionais”, mas com algumas presenças nos “nacionais” ou ainda como técnico dos escalões de formação, o antigo avançado teria experiências no Mexilhoeira Grande, Messinense, Lagoa, Silves, nas camadas de formação do Portimonense, na Escola de Futebol de Portimão e na Escola de Futebol João Moutinho, instituição baptizada com o nome de um dos seus filhos.