Carlos Baptista de Jesus seria descoberto no Paço de Arcos para, na temporada de 1939/40 ingressar na equipa principal do Carcavelinhos. Com o emblema lisboeta a militar na 1ª divisão, o jogador, mesmo sem experiência competitiva no escalão onde estava inserido, depressa conseguiria assegurar um lugar no “onze”. Defesa-central robusto e impetuoso, características que haveriam de valer-lhe a alcunha de “back da morte”, o jogador, daí em diante, manteria a preponderância no idealizar do alinhamento titular das diferentes equipas pensadas pelos responsáveis técnicos.
Mesmo com a fusão do Carcavelinhos com o União Lisboa, casamento que, na campanha de 1942/43, marcaria o arranque do Atlético Clube de Portugal nas provas futebolísticas lusas, o jogador, muito mais do que ser incluído na junção dos dois planteis, também viria a manter-se como um dos pilares da nova agremiação “alfacinha”. Na Tapadinha ajudaria aos grandes feitos do recém-criado clube na década da sua fundação e igualmente na seguinte. Nesse sentido, logo em 1943/44, participaria na estreia no novo emblema na 1ª divisão e no 3º posto da tabela classificativa com que a colectividade terminaria o Campeonato Nacional. No entanto, com a participação na prova de maior monta no calendário português ainda dependente das prestações nos respectivos “regionais”, os homens de Alcântara teriam uma curta sabática e o regresso ao convívio com os “grandes” dar-se-ia em 1945/46.
Mas não seria só no Campeonato Nacional, onde, em 1949/50, o Atlético viria a repetir o 3º lugar, que Baptista conseguiria enormes louvores. Esses destaques que, por diversas vezes o levariam à selecção de Lisboa, também seriam deveras úteis na progressão do colectivo por si representado, na Taça de Portugal. Na apelidada “Prova Rainha”, as duas edições merecedoras de maiores elogios acabariam por ser a de 1945/46 e a de 1948/49. Na primeira dessas campanhas, o emblema sediado no popular bairro “alfacinha” de Alcântara, teria de enfrentar, na final, o Sporting. Chamado ao alinhamento inicial por Cândido Tavares, o defesa-central, em pleno Estádio Nacional, veria o Sporting vencer o seu lado por 4-2. Já três anos depois, dessa feita chamado ao Jamor por Pedro Areso, o jogador teria no Benfica o carrasco dos seus intentos e mais uma vez veria partir o almejado troféu na direcção dos escaparates dados aos rivais.
Até à temporada de 1951/52, última época do defesa na equipa da Tapadinha, não mais o Atlético veria negada a sua participação na 1ª divisão. Tal registo faria com que Baptista, titular na maioria das ocasiões, viesse a registar números a empurrá-lo para o pódio dos jogadores com mais participações pelo clube no escalão máximo. Esse 3º lugar, somente atrás de Carlos Martinho e de Armando Carneiro, resultaria de um total de 157 rondas disputadas. Anos mais tarde, o atleta ainda voltaria a unir-se à colectividade lisboeta. Entretanto, numa altura em que passaria a assumir-se como treinador-jogador, seriam as divisas de Peniche, Águias de Vila Franca e Tramagal a preencher o seu percurso. Depois, como mencionado mais acima, surgiria o regresso a Alcântara e as experiências como técnico das “escolas”, onde orientaria Germano, e até mesmo as funções assumidas à frente do conjunto principal.
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